Ранее на месте монумента располагался деревянный Уфимский кремль, сгоревший во время одного из крупных пожаров. Позднее здесь была возведена Троицкая церковь, закрытая в 1930 году и взорванная в июне 1956 года. В 1957 году торжественно отмечалось 400-летие добровольного вхождения Башкирии в состав Русского царства. В этом же году, 14 июня, состоялась закладка памятника. Однако проектирование началось только через четыре года, а открытие состоялось 7 августа 1965 года.
Авторами стали московские скульпторы Михаил Бабурин и Галина Левицкая, а также архитекторы Евгений Кутырев и Гаврилов. Скульптуры были отлиты на ленинградском заводе «Монумент-скульптура».
Сооружение Монумента Дружбы — пример комплексного архитектурного, скульптурного и конструктивного решения. Оригинальность состоит в том, что центр тяжести монумента находится ниже планировочной отметки земли, что дает сооружению необходимую устойчивость. Прототипами женских фигур выступили реальные женщины: русская женщина создавалась скульптором Бабуриным со своей дочери, а башкирская — с Зухры Муратовой.
В 2006 году в Год благоустройства и к 450-летию вхождения Башкортостана в состав России была проведена реконструкция Монумента Дружбы и облагораживание прилегающей территории.
Ныне это объект культурного наследия федерального значения и охраняется государством.